Nasceu a 1 de Janeiro de 1961, na Ilha de Moçambique. Desistiu do curso de Filosofia em favor de uma profissionalização em Jornalismo, realizando o estágio de formação no Diário de Lisboa, onde teve mestres como Ernesto Sampaio, Pedro Alvim, Neves de Sousa, Diana Andringa, José Manuel Rodrigues da Silva, Acácio Barradas, João Maria Mendes, Rogério Vidigal e José António Cerejo. Estudos de flauta barroca com Hélio Correia e como autodidacta em flautas transversais de bambu e madeira. Com 38 anos de carreira como jornalista, incidiu a sua atenção na Cultura, nesta com especial incidência na Música, na Dança, na Performance-Arte e na Arte Intermedia.

Tem 10 livros publicados e participa em outros sete de autoria colectiva. Foi o editor da revista jazz.pt entre 2006 e 2021, primeiro na sua versão em papel e, desde Abril de 2013, na Internet. Foi de 2014 a 2021 o curador do ciclo de concertos Jazz no Parque, produzido pela Fundação de Serralves (Porto). Colaborou durante 11 anos com a Culturgest – Fundação Caixa Geral de Depósitos e 15 anos com as editoras discográficas Clean Feed e Shhpuma. Foi assessor de imprensa do Teatro Nacional D. Maria II e assessor da direcção do Serviço ACARTE da Fundação Calouste Gulbenkian. Foi um dos fundadores da associação cultural Granular, a cuja direcção pertenceu durante mais de uma década, partilhando com o músico e artista visual Carlos “Zíngaro” a curadoria das suas actividades. Foi docente no Curso de Jornalismo e Crítica Musical da ETIC – Escola de Tecnologias, Inovação e Criação e no JAMM.LX – Curso de Jazz e Música Moderna da Escola Superior de Tecnologias e Artes de Lisboa. Integra o duo de música experimental Astronauta Desaparecido.

O professor de Ciências da Comunicação, ex-director dos jornais Diário de Notícias e Diário de Lisboa e provedor do leitor do Público, Mário Mesquita, distinguiu-o como um dos 10 melhores jornalistas portugueses. Dele disse o músico e compositor Vítor Rua: «A única pessoa que, em Portugal, conseguiu criar uma nova forma de escrever sobre música é Rui Eduardo Paes. REP não é apenas um especialista dentro da crítica musical. É um especialista generalista! E porquê? Porque é um expert em variegados estilos musicais: tem experiência e conhecimentos dentro da chamada improvisação total; controlo e poder de análise na área do jazz (do clássico ao presente) e em certa música clássica/contemporânea; aventura-se no art rock; revela pontaria ao apontar nomes que mais tarde se revelam como seminais. São inúmeros os músicos de diversos estilos musicais que muito têm a dever aos textos filosófico-analíticos de REP. Na actualidade, não existe no nosso país nenhum outro crítico musical com o seu eclectismo e a sua qualidade!»